diff --git a/scripts/auditor_gate.sh b/scripts/auditor_gate.sh
index 620ee5e..14f6633 100644
--- a/scripts/auditor_gate.sh
+++ b/scripts/auditor_gate.sh
@@ -74,6 +74,8 @@ if [ "$TOOL_NAME" != "Bash" ]; then
   if [ -n "$REF_ROOT" ] && [ -n "$FILE_PATH_NORM" ]; then
     # 2026-05-07 결함 2 패치: -m (canonicalize-missing) 추가 — 신규 파일도 정상 상대 경로 추출
     REL=$(realpath -m --relative-to="$REF_ROOT" "$FILE_PATH_NORM" 2>/dev/null || echo "$FILE_PATH_NORM")
+    # 2026-05-07 결함 3 패치: worktree prefix 자동 제거 — main repo 기준 매니페스트 target_files 정합
+    REL="${REL#.claude/worktrees/*/}"
   else
     REL="$FILE_PATH_NORM"
   fi